В 2006 году, в связи с необходимостью создания структуры обеспечивающей систему закупок товаров, работ, услуг для нужд Академии, создано отделение организации закупок и учета, входящее в состав отдела материального обеспечения (и закупок) Академии.
В дальнейшем, в рамках реализации Федеральных законов от 08.05.2010 № 83-ФЗ «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в связи с совершенствованием правового положения государственных (муниципальных) учреждений», от 12.01.96 № 7-ФЗ «О некоммерческих организациях», в связи с повышением требований законодательства Российской Федерации к проведению закупочной деятельности государственными учреждениями, а также необходимостью организации единой системы планирования и ведения ГИИС «Электронный бюджет» отделение реорганизовано в самостоятельный отдел (организации контрактной работы). На основании Директивы МЧС России от 31.03.2014 № 47-12-3 отделение организации закупок и учета было реорганизовано в отдел (организации контрактной работы).